Il n’y a pas d’église vaudou en tant que telle. Le Palais Houxwé assure la coordination des divers prêtres et prêtresses vaudou ainsi que des couvents et des temples, tout en respectant leur indépendance. Daagbo Hounon exerce une influence sur le culte vaudou en qualité de Pontife et de Chef spirituel. À ce titre, il interprète la doctrine vaudou, communique avec les dieux et les oracles et s’exprime aux sympathisants par ses enseignements. Ceux-ci sont compilés par l’Office Datarial, principal organe chargé des archives du Palais Houxwé et publiés sous la forme de bulles pontificales.
Le Palais Houwxé est dirigé exclusivement par Daagbo Hounon. Dans l’exercice de ses fonctions et pendant son pontificat, il est appuyé par deux organes consultatifs, soit le Conseil de la Dynastie du Palais Houxwé et le Conseil des Sages. Le premier conseille Daagbo Hounon à agir sur toutes les questions relatives à la doctrine vaudou, les rites et la propagande tandis que le second est chargé de la consultation des oracles et le gardien du Fa. L’Office Datarial gère les archives de chacun des conseils en plus de celles du Pontife.
Les chefs de temples et de couvents que l’on appelle ainsi les Hounons ainsi que les sages et les membres du Conseil de la Dynastie du Palais Houxwé forment la Cour du Daagbo Hounon. Celle-ci se réunit en assemblée plénière à l’occasion des fêtes du 10 janvier.